著絲粒是染色體上非常復(fù)雜但又具有特殊功能的區(qū)域，盡管功能保守，但相比較基因組其他區(qū)域，著絲粒有著更快的進化速率，在不同物種中表現(xiàn)出顯著的多樣性。由于著絲粒及其周圍存在大量重復(fù)序列，完整的著絲粒組裝一直存在巨大挑戰(zhàn)。本氏煙草的基因組于2012年首次測序，近年來雖有多次更新，但基因組仍然存在多個gap，其著絲粒和端粒序列也不完整。 近日，頂級學(xué)術(shù)期刊《Nature Plants》發(fā)表了北京大學(xué)現(xiàn)代農(nóng)業(yè)研究院郭立團隊題為“The complete genome assembly of Nicotiana benthamiana reveals genetic and epigene
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蘭花是被子植物中最大且最為多樣化的科之一，石斛屬（Dendrobium Sw.）是蘭科三大屬之一，包含約1800個物種。石斛屬物種表現(xiàn)出高度多樣化和復(fù)雜的形態(tài)，由于其觀賞和藥用價值，石斛在全球范圍內(nèi)引起了公眾和研究人員的廣泛關(guān)注和興趣，成為許多國家和地區(qū)的重要經(jīng)濟植物。 最近，來自新加坡和中國的研究團隊合作在著名期刊Nature Plants上面發(fā)表了名為《Pangeneric genome analyses reveal the evolution and diversity of the orchid
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完整的遺傳變異數(shù)據(jù)集是生物多樣性基因組學(xué)研究的關(guān)鍵。長讀長測序技術(shù)的快速發(fā)展，使組裝高質(zhì)量單倍型解析的參考基因組成為可能。然而，即使是單個個體完整的T2T基因組，因為無法充分代表一個種群或物種內(nèi)的遺傳多樣性，仍可能會使下游分析產(chǎn)生偏差。通過將來自同一種群、物種或?qū)俚亩鄠€高質(zhì)量基因組序列信息整合到單個參考基因組上，這些基因組比對集合組裝而成的泛基因組能夠克服代表性偏差問題。 近日，來自美國和意大利等多國的科學(xué)家團隊，在著名期刊Nature Genetics上撰文發(fā)表了名為《Pangenome graphs and the
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端粒到端粒（T2T）基因組組裝代表了基因組測序和組裝領(lǐng)域的一個重要的里程碑，它實現(xiàn)了從染色體的一個端粒到另一個端粒的完整序列的生成。人T2T基因組揭示了以前無法通過測序組裝獲取的未知區(qū)域。T2T基因組也已在重要作物如水稻、大豆和玉米等上獲得，為著絲粒功能和進化以及其他基因組特征的研究提供了寶貴見解。 近日，來自默多克大學(xué)等地的研究團隊在著名期刊Nature Genetics上發(fā)表了綜述文章Unlocking plant genetics with telomere-to-telomere genome assemblies，在這篇綜述中，研究人員討論了復(fù)雜作物T2T基因組面臨的挑戰(zhàn)，如重
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